Сайт доступен по любому поддомену

У вас один домен на хосте? Поведение закономерное. Делайте mainserver в виртуальных хостах Апача. Тогда всё, отличающееся от основного домена, попадёт на него.

Можете в настройках NS поиграть с A записью.

Нет, я же пишу, основной сайт открывается по любому поддомену и первого домена(site.ru) и второго(site.com), а в будущем будут еще домены.

Если не сложно, опишите пожалуйста подробнее.

Почти та же ситуация. Вот суть: домен, стоящий первым виртуальным хостом, будет открываться по любому адресу, закреплённому за данным IP, и по IP в том числе, если нет обратного условия, т.е. если запрос не приходит ко второму домену.

Вам надо править конфиг Апача, файл httpd-vhosts.conf. Из панели никак, на сколько знаю.

А что туда следует прописать?

Authority, смотря, что в нём написано уже :)

http://httpd.apache.org/docs/1.3/vhosts/

http://httpd.apache.org/docs/2.2/vhosts/

В DNS'е поубирать A записи с *, прописать лишь нужные поддомены (если используются вообще).

Первый сайт, вероятнее всего, представляет из себя виртуалхост Apache без указанного ServerName, поэтому собирает все домены, не прописанные в других вирт. хостах. Создайте дефолтный виртуальный хост (без ServerName) и показывайте им что-нибудь типа "It works!"

так это же хорошо.

Редирект с поддоменов поставьте в htaccess или в движке, не надо в Апач лезть

В .htaccess:

RewriteEngine On

RewriteBase /

RewriteCond %{HTTP_HOST} !=www.site.ru [NC]

RewriteCond %{HTTP_HOST} !=""

RewriteCond %{REQUEST_URI} !=/robots.txt

RewriteRule ^(.*)$ http://www.site.ru/$1 [R=301,L]

Не надо никаких правок хтацесса!!

У ТСа настроены Wilcard-домены. Всего-то и надо сделать, что

ТС, в гугл по "Wilcard домены". Узнаешь много нового (и полезного). ;)