Взлом хостинга??

Смысл, если не найден шелл?

Это что больному с температурой предложить носки с майкой поменять.

Сначала надо шелл найти любой ценой по логам, определить как попадает,

что делает и меняет, грохнуть, а уже потом обновляться.

Вариант - запретить доступ по ftp, но тогда и сайм не зайдешь, или ограничить только для своего ip. Не панацея. В основном пробивают минуя ftp, загружая со стороннего ресурса. Вариант - запретить в htaccess любую загрузку с http://.

Да что гадать, анализ логов доступа нужен, только так, думаю, можно

определить откуда и как.