Запросы есть, 3 позиция, переходов нет.

Пациента и запросы в личку плиз, а так трудно что то сказать.

Может там такой сниппет, что по нему никому не хочется кликать? Или запрос - это название сайта или определение какого-то термина - в таких случаях дальше первого результата кликать смысла особого нет.

big boy, как количество запросов посчитали?

В Гугле - галочку ставите там где [Exact], запросы должны быть в квадратных скобках - [запрос].

В Яндексе - запрос вида - "!запрос !запросов".

Позиции проверяете в одном браузере?

для гугла - по семруш посмотрите сколько ваш запрос переходов в месяц с поиска дает - иногда в адвордсе такие цифры огромные - а в семруше очень мало или вообще ноль

(т.е. конкретно ваш запрос пользователи не ищут просто)

а в вордстате вводите в кавычках - перед каждым словом восклицательный знак, а перед предлогами плюсы:

"!например !ваш +в !запрос" - это даст примерные цифры по конкретному запросу

Без указания запроса и сайта тяжело что-то сказать. ТОП3 как правило достаточен для того, чтобы получить хоть какую-то часть трафа.

На вторую страницу траф может вообще не доходить если первая страница сверхрелевантная выдача.

Поэтому тут дело скорее всего в самом запросе. Посмотрите также точное ли соответствие запроса трафу, и целевые регионы

Запрос случайно не англоязычный. Часто можно увидеть сайты по английским запросам на 1 месте топа google.com, если смотреть с русского ip, а если с американского, то они на 30 или 150 позиции.

Да тут ТС похоже хочет страницу с парнеркой МегаИндекса вытащить в топ, с запросом соответствующим. Понятно что люди ищущие мегаиндекс - будут щелкать по самому сервису на первом месте, а не на всякое гумно в топ 10 =)))