Упадут ли пузомерки?

не должны, если проект не большой. То думаю все сохраниться, если тематика останется той же

Все останется то же самое, просто нужно движок для удобства поменять...

Упадет PR для внутренних страниц, которых больше не будет. Если он вообще у них был.

А вообще, если ссылки есть на внутренние страницы, сохраните структуру адресов сайта или сделайте 301-й редирект со старых адресов страниц на новые и все будет гуд. Переход произойдет без кровопотерь))

Тиц и ПР никак не зависят от движка, лучше конечно, если пути сохраняться.

А как посоветуете правильно перенести материалы? Вручную или можно как-то автоматизировать...

можно не хостинге ручками прописать в .htaccess правила для редиректа.

Или поискать компонент или модуль, который это автоматизирует. Вот в Joomla есть хороший компонент для редиректа, и не только, sh404sef.

Для Wordpress не подскажу аналога.

Ответ в вашем вопросе. Если ссылки ведут на главную, почему же пузомерки то должны упасть? Переводите, нечего опасаться.