Проблемы с хостингом

А если за эти 3 дня сайты посещал поисковой робот, как этот код может отразится на индексации, трасте и выдаче?

Никак. Это же яваскрипт.

На индексации может и никак, но сайт может попасть в черный список как заражающий компьютеры.

Почистил сайты от кода, проверил комп на вирусы, сменил пароль от фтп, утром проверяю опять тожк самое... Что это может значить?

Помимо очистки сайтов от кода, нужно определить, каким образом этот код попал на страницы. Потому что если в сайте дырки, то через них опять его зальют.

Так же нужно проверить, не появилось ли каких посторонних скриптов.

Потому что, как правило, попутно заливают php-shell-ы, через которые потом опять проникают.

Лишнего в коде больше ничего нет, сайты все на чистом html, какие там могут быть дырки?

Хостинг не поддерживает php.

Может разрешить доступ к фтп только с одного IP через файл .ftpaccess, или проблема всетаки в другом?

Если хостинг не поддерживает никакие скрипты, то значит проблема либо осталась у вас на компьютере, либо на хостинге.

Обратитесь к ним в службу поддержки.

Большое спасибо за помощь, буду пробовать.

отпишите когда выясните,мне очень интерестно,тоже был подобный случай,но не у меня.

Скорее всего у Вас на компьютере до сих пор троян сидит, который перехватил новый пароль к FTP. Первым делом надо почистить компьютер себе и убедиться что вирусов нету и троянов более. После сменить пароль к фтп (не заходя на сайт, иначе есть БОЛЬШАЯ вероятность что троян опять попадет к Вам).

Для работы по FTP использовать специализированый FTP клиент, например CuteFTP - это значительно уменьшит риск.

Удалить по FTP вредоносный код, потом только можно заходить на сайт.

Для удаления текста во многих файликах очень удобно использовать утилитку instext.exe

Приятной работы!