проиндексировался site.ru/index.php

Проверьте внутреннии ссылки на своем сайте, а также внешние. Не должно быть "../index.php" нигде.

Ситуация похожая была. После исправления - все встало на места свои

проверила.. ни внутренних ни внешних нету...

что еще можно сделать чтобы избежать подобных ситуаций в дальнейшем?

Если ссылок на index.php нет ни на сайте, ни внутренних, то просто без паники дождитесь и всё будет нормально.

Можете прописать Host в robots.txt

спасибо, что хотя бы успакоили :)

host тоже прописан.......

У меня случилась проблема аналогичная недавно, вместо site.ru вылезла site.ru/news.php (она у нас главнаой установлена). На данный момент прописан Host и убраны внешние ссылки на site.ru/news.php, а внешние убрать я не могу. Дело в том, что сайт новостной и пользователи сами размещали ссылки в новостях на своих ресурсах копируя материал и оставляя ссылки на форумах которые видут на site.ru/news.php?xxx (xxx то номер новости). Поможет ли то что я уже сделал (прописал хост и убрал внутренние ссылки), чтоб вернуть в серп Яндекса обратно site.ru? Если нет то, что надо сделать еще если учесть что я убрать внешние на ту страницу я не смогу?

Можно поиспользовать серверный редирект на PHP:

<?

$host = $HTTP_SERVER_VARS['HTTP_HOST'];

$uri = $HTTP_SERVER_VARS['REQUEST_URI'];

$redirect = false;

if (ereg('/index.php/',$uri)) { // Если в набранном URL лишний index.php

	$redirect = true;

	$uri = str_replace('/index.php/', '/', $uri);

}

if ($redirect) { // Редирект

	header ("HTTP/1.1 301 Moved Permanently");

	header ("Location: http://".$host.$uri);

	exit();

}

?>

Всех возможных ситуаций в наборе адреса она не учитывает.

Но для Вашего случая, можно поиспользовать нечто подобное.