index.html и index.php

index.php будет проиндексирована как новая страница и со временем заменит в поиске index.html, если будет все грамотно сделано то на позициях в ПС системах сказаться не должно.

Чтобы избежать данную проблему, можно воспользоваться функциями .htaccess

Дабы не мудрить нужно вписать в хтаццесс директори индекс )))

по-моему веб-сервер должен быть настроен так, что site.com = site.com/index.html = site.com/index.php. так что с мордой проблем быть никаких не должно, а вот с внутренними...

тоже очень итерисует

Вот так сделайте и все будет хорошо.

то есть страница будет отображаться не как *.index.html или *.index.php, а тупо site.ru/

DirectoryIndex index.php index.html

Если это виндовс система - то непомню)