Как такое может быть 359:22.95 mysqld

Вынести mysql на отдельный сервер

А сколько у вас на этой машине памяти всего и какой объем индексов?

Просто 217m как то маловато. И какую часть времени процессора он потребляет?

Просто время c последнего старта mysql поделите на время, которое вы заметили в top.

Обычно mysql не должен заниматься вычислениями и потреблять процессорное время.

Это признак неудачных запросов.