Структура индексов

А, теперь понятно. Я просто пропустил момент обсуждения, когда от двух слов перешли к трем и более. :)

Это всего лишь идея. Скажем, положения в документе - это расстояние между точками - словами в документе. То есть p[i,j] - есть i-е положение в документе j-го слова запроса. Поскольку такие координаты хранятся в индексе (или у вас не хранятся?), вычислить самые выгодные положения слов в документе можно по алгоритму. Ну, и чем короче получается этот путь (суммарное расстояние между словами), тем больше нам этот документ подходит.

С другой стороны, не знаю, насколько этот алгоритм Дейкстры окажется ресурсоемким при необходимости обработки запросов на лету...

Допускаю, что все это - лишь выдумки. Не стану ратовать за то, чего сама пока не пробовала.