Обход в вебмастере 404 страниц

потому что есть база своя у Яндекса по которой он может годами лазить и даже в индекс заносить 404 , наблюдал такое около года на одном ИМ

Что в Яндексе, что в Гугле такая история, даже на 404 страницы, на которые уже сто лет, как вообще нет ссылок (были, но удалились), все равно долгими годами продолжают регулярно заходить🤔 Просто забейте)

А вы уверены, что их реально нет? canonical, скажем, ничего такого не содержит?

Потому что у поисковой системы своя очередь переобхода страниц сайта по рабочим сигналам и эту очередь 

а) невозможно увидеть

б) невозможно вручную корректировать

Перебирать битые и неактуальные адреса робот может долгими месяцами, можно лишь вклиниться в очередь заявками на приоритетный переобход через Вебмастер. И это действительно работает.

Именно поэтому важно заниматься вопросами корректной структуры сайта, отсекания всего лишнего и регулирования процесса индексации, иначе поиск может месяцами жевать неактуальные адресации, а в некоторых случаях (в частности Гугл) может вообще стопориться по индексации, когда supplemental index перекрывает объём полезного индекса на порядок. 

Вы о них можете не знать и не видеть. Адреса переобхода могут формироваться ошибками в относительной адресации, служебными get параметрами, метками, ошибками компонентов, плагинов и т.д. Внешние ссылки также являются источниками доп. сигналов.

Нет, сначала робот обходит, а потому уже информация передаётся в статистику пользователю. Т.е. информация в индексе, которую можно увидеть и проверить - она появляется раньше, чем пользователь получает уведомления в панели Вебмастера.