Почему отличаются результаты кластеризации одним и тем же методом с одинаковыми параметрами но в разных инструментах?

Там пачка параметров и фильтров, притом важно, откуда данные и как тянули. Чаще-то, конечно, по XML и вживую.
Кроме того, важно понимать, отфильтровываются ли сайты на "бандите", сервисы Яндекса и прочий мусор.
Задача-то - анализ корпуса образцовых сайтов, и чем меньше "шумов" - тем лучше. А что там в потрохах алгоритмов - кто ж скажет точно.

В обоих случаях результаты органической выдачи из ПС Яндекса тянулись. Режим обращений в коллекторе - напрямую к выдаче, безбраузерный.

В обоих случаях не отфильтровывались яндексовые услуги, объявления, зен и маркет.

Опций фильтрации сайтов на бандите нигде не встречал.

Тут вообще можно не заморачиваться и кей коллектор использовать без оглядки на другие сервисы?

Сайты на "бандите" при кластеризации важно отфильтровывать? А сервисы Яндекса тоже важно? Какой еще мусор может повстречаться?

KeyAssort это делает. Говорят, что Кейколлектор в 4 версии такое тоже может - я не проверял.

Вам нужны медианные, усредненные данные, максимально близкие к тому самому типовому образцовому корпусу, на котором и обучается нейросеть. Понятно, что сайты, аффилированные с Яндексом, чудовища типа "Вайлдберриз", "Авито", сайты, подброшенные в топы на несколько часов и сайты, которые загнали в топы накрутками ПФ - не подходят для анализа. Там может быть любая дичь.
Я много кластеризаторов перепробовал, остановился на КейАссорт и больше не тестирую - года три как уже. Там тоже результаты надо ручками до ума доводить, и чем дальше - тем больше (Яндекс тупеет, шумов всё больше). Но пока меня результаты устраивают.

Ну вот для примера:

Можно добавить свой список урлов, которые надо или не надо учитывать и т.п. Короче, максимум способов отфильтровать ненужное и добавить интересующее. Возможно, есть и более удобные инструменты.

Нет. Оно вроде как на словах соответствует, либо Люстик, либо Ожгибесов про это говорили, но по факту не соответствует от слова уААбще. Там по каким-то неведомым принципам кластеризация происходит. Кей Ассорт делает нормально и ожидаемо, при ручной проверке всё бьётся. В случае с кластеризацией Кей Коллектором в ручную уже ничего не бьётся толком. В общем, кластеризация в Кей Коллекторе, не смотря на весь пафос и заверения говорящих голов какая-то невнятная, неправильная.

Посмотрел программу и на сколько понял, она берет данные поисковой выдачи либо с платного сервиса, либо данные можно импортировать. И импортировать их можно из кей коллектора... Но если брать данные, собранные коллектором, то и кластеризацию сделает ассорт возможно так же, как и кей коллектор. Если в случае коллекторе в ручную не бьется толком, то и в ассорте не будет. И получается заслуга ассорта в платном сервисе, с помощью которого он данные поисковой выдачи получает?

Могли бы вы рассказать, как KeyAssort вычисляет сайты не бандите? Кейколлектор последней версии этого не умеет, о чем сообщили в поддержке программы.

Сами сайты на бандите себя не выдают ничем кроме резкой кратковременной смены позиции? Такое поведение и анализирует KeyAssort после накопления информации по поисковой выдаче?

В 4 коллекторе при кластеризации можно в том же окне добавить домены которые не будут учитываться.

П/С но кластризация странная очень в коллекторе